Tình trạng trào ngược có thể diễn ra vào ban ngày (trạng thái bệnh nhân tỉnh táo) và ban đêm (trạng thái bệnh nhân nằm ngủ). Trào ngược về đêm thì nguy hiểm hơn rất nhiều bệnh nhân trào ngược vào ban ngày, đặc biệt là nguy hiểm đến vùng hầu và thanh quản. Khi ngủ, dịch trào ngược có khả năng gây nguy hiểm nhiều hơn là do các phản ứng tự nhiên bảo vệ hầu và thanh quản như tiết nước bọt, phản ứng nuốt đều giảm mạnh. Thêm vào đó, khi đứng thì trọng lực có thể giúp dịch trào ngược nhanh chóng trở về dạ dày nhưng khi trạng thái nằm ngủ thì yếu tố trọng lực bị loại trừ. Trào ngược về đêm cũng dẫn đến sự bất thường về giấc ngủ. Do mất ngủ ban đêm nên cơ thể buồn ngủ, ngầy ngật vào ban ngày (chứng ngủ ngày) gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến chất lượng cuộc sống. Ngoài ra, bệnh nhân trào ngược về đêm có mối liên hệ mật thiết với các cơn hen suyễn. Các cơn hen trên bệnh nhân trào ngược được giải thích là do các chất chứa trong dạ dày đi vào vùng hầu họng và được hít vào đường dẫn khí gây nên.