Vi khuẩn có thể trở nên kháng với thuốc kháng sinh theo một vài cách thức như: Một số vi khuẩn có thể “vô hiệu hóa” một thuốc kháng sinh bằng việc thay đổi thuốc theo cách làm cho thuốc vô hại. Những loại vi khuẩn khác đã học được cách thức bơm thuốc kháng sinh trở ra bên ngoài vi khuẩn trước khi thuốc có thể gây hại. Một vài vi khuẩn có thể thay đổi cấu trúc vỏ của chúng sao cho thuốc kháng sinh không có cách nào gắn vào vi khuẩn để tiêu diệt. Sau khi tiếp xúc với thuốc kháng sinh, đôi khi một trong số các vi khuẩn có thể sống sót bởi vì nó tìm ra cách chống lại thuốc kháng sinh. Thậm chí nếu một vi khuẩn trở nên kháng với thuốc kháng sinh, thì sau đó nó có thể nhân lên và thay thế tất cả vi khuẩn đã bị tiêu diệt. Điều đó có nghĩa là việc tiếp xúc với thuốc kháng sinh đã tạo ra một áp lực chọn lọc làm cho các vi khuẩn sống sót có khả năng trở nên kháng thuốc hơn. Vi khuẩn cũng có thể trở nên kháng thuốc thông qua đột biến vật chất di truyền của chúng.