Thuốc kháng sinh chỉ được dùng cho trẻ sơ sinh khi trẻ thật sự bị nhiễm trùng hoặc nguy cơ bị nhiễm trùng trong quá trình lọt lòng mẹ. Không nên tự ý cho trẻ dùng thuốc kháng sinh mà phải do bác sĩ chỉ định. Các nhóm thuốc kháng sinh dùng đường uống an toàn nhất cho trẻ là: Nhóm Beta-lactamin như: amoxicillin, penicillin, các thuốc nhóm Cephalosporin. Trường hợp trẻ bị dị ứng với kháng sinh nhóm Beta-lactamin thì thay bằng kháng sinh nhóm Macrolide như: azithromycin, clarithromycin, roxithromycin. Các thuốc này đều có dạng uống như Siro, cốm, bột phù hợp cho trẻ. Tùy theo bệnh nhiễm trùng của trẻ mà bác sĩ sẽ chọn các kháng sinh phù hợp. Thường tác dụng phụ rõ rệt nhất ở trẻ khi dùng kháng sinh là tiêu chảy do loạn khuẩn đường ruột, vì thế cần phải bổ sung men tiêu hóa trong quá trình trẻ dùng kháng sinh. Với trẻ sơ sinh, tuyệt đối bố mẹ không nên tự ý mua thuốc kháng sinh cho trẻ mà phải đi khám bác sĩ chuyên khoa Nhi để được khám và tư vấn trước khi dùng thuốc. Tại bệnh viện thì sẽ có nhiều nhóm kháng sinh hơn cho bác sĩ điều trị khi trẻ bị nhiễm trùng nặng.